Năm 2017, Đảng ủy, Ban giám đốc Sở Y tế đã xác định mục tiêu là: Tiếp tục đẩy mạnh triển khai thực hiện Chương trình tổng thể cải cách hành chính (CCHC) nhà nước giai đoạn 2011 - 2020 theo Nghị quyết số 30c/NQ-CP của Chính phủ, đảm bảo hoàn thành các mục tiêu, nhiệm vụ cải cách hành chính nhà nước trong giai đoạn II (2016 - 2020). Trong đó, tập trung thực hiện các trọng tâm CCHC là: Cải cách thể chế; xây dựng, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức; chú trọng cải cách chính sách tiền lương nhằm tạo động lực thực sự để cán bộ, công chức, viên chức thực thi công vụ có chất lượng và hiệu quả cao; nâng cao chất lượng dịch vụ hành chính và chất lượng dịch vụ công. Lấy kết quả đánh giá mức độ hài lòng của công dân, tổ chức làm thước đo về chất lượng phục vụ của cơ quan, đơn vị .
Trên cơ sở đó, nhiều giải pháp đồng bộ đã được triển khai thực hiện; toàn thể cán bộ công nhân viên ngành y tế tỉnh đã phấn đấu thực hiện tốt các nhiệm vụ trọng tâm trong cải cách hành chính giai đoạn 2016 - 2020 bảo đảm nâng cao năng lực, kỹ năng thực thi công vụ được giao; ý thức trách nhiệm, đạo đức công vụ, đạo đức nghề nghiệp; gắn cải cách hành chính với cải cách lập pháp, tư pháp; cải thiện toàn thể môi trường và điều kiện làm việc.
Kế thừa và phát huy những kinh nghiệm tốt trong công tác CCHC ở trong nước giai đoạn vừa qua, đồng thời chủ động đưa các kinh nghiệm, các sáng kiến, cải tiến vào áp dụng phù hợp thực tiễn công việc của ngành.
Ứng dụng công nghệ thông tin trong mọi hoạt động của các cơ quan, đơn vị trực thuộc Sở, từng bước phấn đấu xây dựng hệ sinh thái y tế thông minh theo hướng “Chính phủ điện tử”, “Chính quyền điện tử”.
Đặc biệt là việc xác định rõ trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan đơn vị trong quá trình triển khai thực hiện các nhiệm vụ cải cách hành chính.
Hiệu quả thấy rõ là chất lượng giải quyết thủ tục hành chính được nâng cao rõ rệt. Tổ chức bộ máy tinh gọn hơn và chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức được nâng lên một bước. Cơ chế một cửa tiếp tục được duy trì, mở rộng, nâng cao chất lượng, hiệu quả giải quyết thủ tục hành chính cho người dân, tổ chức. Công tác CCHC trong ngành đã thực sự góp phần vào những thành tựu phát triển kinh tề - xã hội, ổn định chính trị và trật tự xã hội.
Với những kết quả nỗi bật của Sở Y tế trong công tác CCHC, ngày 29/12/2017, UBND đã có Quyết định số 3104/QĐ-UBND về việc Công bố kết quả đánh giá, xếp loại công tác CCHC của các sở, ban, ngành cấp tỉnh, Ủy ban nhân dân cấp huyện năm 2017; theo đó Sở y tế đã đạt 93,45 điểm, xếp loại Xuất sắc, và xếp vị trí thứ 2 trong khối cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh.